Ciencia, publicaciones científicas y fraudes

Para que no digais que siempre estoy hablando de lo mismo hoy traigo un audio en el que divago de un tema nuevo. Hace unas fechas estuve debatiendo con Rosa Sancho Lozano, del Instituto de Estudios Documentales sobre Ciencia y Tecnología (IEDCYT) del CSIC, con David Cuevas y con Juanjo Sánchez-Oro en el programa Dimensión Límite sobre el sistema de publicación científica, bastante desconocido para el gran público por lo que comentaron los periodistas. En general cuando tú descubres algo tienes que publicarlo. Lo que no publicas no existe. En función de lo original o bueno que sea va a una revista mejor o peor. ¿Cómo se sabe que revista es mejor o peor? hay varios indicadores, pero el más aceptado es el Factor de impacto, que es un indice que computa las veces que los artículos de una revista son citados en diferentes revistas, es decir si una revista publica artículos buenos serán muy utilizados por otros científicos para sus investigaciones posteriores y serán citados, lo que hará que el factor de impacto suba. Este factor de impacto también se puede aplicar a autores individuales, de forma que un científico bueno será muy citado.

Otro de los aspectos claves de las publicaciones científicas es la reproducibilidad. Cuando tu publicas algo debes explicar como lo has hecho, que materiales y que métodos has utilizado de forma que alguien debe ser capaz de repetir los experimentos y obtener los mismos resultados. Esa es la clave para evitar fraudes, aunque de vez en cuando alguien intenta saltarse estas normas. explicamos algunos casos de estos, aunque como ya decimos, suelen tener poco recorrido, porque tarde o temprano, cuando un descubrimiento es chungo, acaba notándose.

Por lo demás en la revista QUO del mes de abril (que ya está en el kiosko) hay un interesante artículo de Dario Pescador sobre "¿Por qué la comida ya no tiene sabor?" que incluye una entrevista con servidor de ustedes.

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Radicales Libres: Shakespeare in the lab... a veces.

Mi Monsanto particular se llama @aberron y de vez en cuando hace de intermediario para que alguna editorial me regale algún libro. En este caso ha tenido el detalle de regalarme "Radicales Libres" de Michael Brooks, editado por Ariel, con el riesgo de que luego publique en este blog lo que opino de él.

Leyendo el libro me vino a la cabeza una anécdota con un amigo canadiense muy fan de South Park, serie que a mi me deja bastante indiferente. Según él solo ver a los niños hablando como carreteros ya hacia que se partiera de risa. Claro, ese es el problema le repliqué. En España nadie se escandaliza por que un niño suelte palabrotas, solo tienes que ir al patio de un colegio.

El libro tiene un título horrible y confuso "Radicales Libres" que parece que te vaya a hablar de la dieta Dukan, pero no. Describe anécdotas de los grandes cientificos y de como en el proceso para realizar sus descubrimientos han saltado por encima de la ética y de las normas. Muchas anécdotas son ciertas, aunque algunas un poco cogidas por los pelos para entrar en la teoría. En ciencia, como en cualquier gremio, hay de todo. Quizás un lector no relacionado con la ciencia puede escandalizarse cual canadiense oyendo a un párvulo cantar "Eres un cabrón hijodeputa", pero este factor sorpresa deja bastante frío a cualquiera que conozca minimamente el mundillo. Dicho esto, a mi juicio el autor cae en la falacia de la parte por el todo. Pensar que un laboratorio solo es un teatro shakespiriano donde se desatan las más elementales pasiones humanas no es del todo cierto. Obviamente los cientificos son humanos y como decía Shylock en el mercader de venecia "If you prick us, do we not bleed? if you tickle us, do we not laugh? if you poison us, do we not die?" y por supuesto las pasiones humanas tienen su presencia y su importancia, más si tenemos en cuenta que a diferencia con otros gremios pasas muchas horas en un espacio reducido. No obstante, leyendo el libro uno puede llegar a pensar que para ser premio Nobel tienes que drogarte, experimentar contigo mismo o con menores sin autorización, robar las ideas de un colega o asesinar a alguien. Estas cosas pasan, pero también hay excelentes científicos que son amantísimos padres de familia o anodinos adictos al trabajo que de vez en cuando van al cine o corren por el parque. Es más, casi que diría que estos últimos son mayoría. 

Un ejemplo de estas exageraciones es cuando habla del efecto de las drogas en los descubrimientos científicos. Uno puede concluir que con un chute de LSD te conviertes en premio Nobel cuando la realidad es que quien tiene ideas brillantes las tienen con o sin LSD. Un mediocre que se droga no se convierte en un genio, es un tonto drogado. Por reducción al absurdo, dada la gran cantidad de gente que consume drogas, si esto fuera verdad y el LSD aumentara tanto la creatividad, cada fin de semana nuestra civilización rebosaría de ideas brillantes, pero no parece el caso. El autor cuenta la conocida anécdota del famoso sueño o desvanecimiento de Kekulé que le sirvió para descifrar la estructura del benceno. Yo siempre les cuento esta anécdota a mis alumnos y les incidó en que la moraleja es que si trabajas en un laboratorio de química orgánica, asegúrate que la ventilación sea adecuada.

Yendo a la parte más científica, es cuestionable alguna que otra afirmación que hace sobre el tema de los priones, sobre todo cuando deja abierta la puerta a la intervención de acidos nucleicos y también es muy pueril el tratamiento que hace del DDT y de la figura del Rachel Carson. Partiendo de unas premisas correctas (escasas evidencias científicas y fuerte componente emocional) justifica su actitud sin ninguna referencia a los multiples efectos negativos y al costo en vidas humanas que ha tenido hacer caso de forma acrítica a sus postulados. De hecho menciona el libro "Merchants of Doubts" cuyo capítulo dedicado al DDT es de vergüenza ajena (ya le dedicaré un post).

Dicho esto, la lectura es agradable, con anécdotas interesantes, aunque alguna un poco cogida por los pelos. Tampoco puedo negar que me tocó la fibra sensible el párrafo dedicado al Barça, en el cual el autor demuestra que ha entendido el concepto de "més que un club", algo que la caverna mediática madrileña no ha conseguido en 50 años (¿a que os he dejado intrigados?). 

Lo dicho, que la lectura vale la pena, principalmente para el lector ajeno al mundo de la ciencia y un poco más crítico para un lector no tan ajeno. Aberron, cuando gustes el siguiente.

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Secuenciar para diagnosticar

No es un tópico decir aquello que las ciencias avanzan que es una barbaridad, pero si en algún campo sobresale la rapidez es en la tecnología para secuenciar el ADN. En su momento obtener la secuencia humana fue un mega proyecto millonario realizado en paralelo por un consorcio público y por Celera Genomics, la empresa de Craig Venter. Hoy en día los avances en ultrasecuenciación y pirosecuenciación, unidos con la mejora de la capacidad de procesamiento de datos y la optimización de los algoritmos informáticos nos permiten secuenciar de forma mucho más rápida y a un precio asequible. Lo más interesante es que es una tendencia que no parece que haya tocado techo, más bien al contrario. La previsión es que en muy poco tiempo a partir de una muestra de sangre nos secuencien el ADN completo para ver si tenemos alguna enfermedad genética, ver para que tipos de transplante somos compatibles, que medicación o terapia nos resultará más efectiva o simplemente, hacernos una dieta personalizada. Por otra parte tampoco será de extrañar que para hacernos un seguro de vida o solicitar un préstamo nos soliciten una secuencia completa del genoma. Es cuestión de (poco) tiempo. Todo esto parece todavía muy de ciencia ficción, o no. Entre otras cosas por que ya hay un precedente en el que una enfermedad solo se pudo diagnosticar después de secuenciar dos genomas completos.

La famosa Levodopa

Los implicados fueron la estodounidense Alexis Beery y su hermano mellizo Noah. Su historia empieza cuando tenían dos años de edad y se hizo evidente que algo no funcionaba bien. Presentaban un retraso tan grande en el desarrollo motor que ninguno de los dos era capaz de andar o de sentarse. Noah vomitaba continuamente y Alexis sufría temblores que duraban horas durante los cuales los ojos empezaban a girar involuntariamente. Un panorama desalentador para los padres. Con el tiempo lejos de mejorar, la condición de los dos hermanos empeoró. Un escaner del cerebro de Noah reveló daños en el área periventricular, lo que condujo a un diagnóstico de parálisis cerebral. Sin embargo los síntomas no mejoraron con el tratamiento. Alexis por su parte desarrollo problemas respiratorios y solo lograba caminar con dificultad, sufriendo de constantes desequilibrios. Lo más curioso en el caso de la niña es que los sintomas empeoraban a medida que avanzaba el día, con una curiosa peculiaridad. Si dormía una siesta, era como si hiciera un reset en el sistema. Se levantaba sin ninguno de los síntomas, pero estos aparecían a medida que transcurrían las horas de vigilia. Cansada de ir de especialista en especialista y que ninguno de ellos supiera interpretar estos peculiares síntomas, Retta, la madre de los mellizos, empezó a documentarse por su cuenta. Buceando en la literatura encontró con la descripción de un caso de una paciente llamada Kimberley Nelson que presentaba los mismos síntomas. También había sido originalmente diagnosticada con parálisis cerebral, pero John Fink, neurólogo de la Universidad de Michigan descubrió que realmente era una extraña enfermedad genética, la distonia dopa-sensible, causada por un déficit genético de dopamina. Parecía que por fin había un diagnóstico.



Robert de Niro y Robin Williams en "Despertares"

 Esta enfermedad está relacionada con la encefalitis letárgica, enfermedad estudiada por Oliver Sacks y que se describe en la película "Despertares" en la que unos pacientes pasan años en estado catatónico hasta que un fármaco llamado levodopa (dopamina sintética) consigue despertarles y volverles a un estado de normalidad. Con el tiempo se hacen resistentes al fármaco y vuelven a la catatonia. Al igual que en Despertares el tratamiento de Alexis consistió también en levodopa y los resultados fueron igual de espectaculares. De la noche a la mañana pudo andar y comer sin ayuda. Poco tiempo despues su hermano Noah empezo a desarrollar los síntomas del déficit de dopamina, lo que indujo a pensar que sufría la misma enfermedad y de la misma forma, respondió satisfactoriamente a la levodopa. Parecía  que el tema estaba solucionado... hasta que unos años después Alexis desarrolló una tos nocturna severa que le impedía dormir sin inhalar adrenalina sintética. Las cosas tampoco parecían funcionar del todo bien con Noah. Algo estaba fallando. A todo esto el padre de los gemelos había sido ascendido a importante ejecutivo de Life Technologies, una de las empresas punteras en biotecnología. Harto de incertidumbres en otoño del 2010 decidió cortar por lo sano y secuenciar el genoma de sus dos vástagos para ver si encontraba la raíz del problema. Y lo encontraron. El caso de sus hijos fue una extrañisima combinación genética proveniente de los dos progenitores. Los dos niños habían heredado dos mutaciones, una proveniente del padre y la otra de la madre, en dos regiones diferentes del mismo gen. Con una sola de las mutaciones no hubieran desarrollado la enfermedad puesto que en condiciones normales la copia del otro progenitor hubiera compensado el error, pero en su caso ninguna de las dos copias era funcional. La enzima afectada era la sepiapterina reductasa, que cataliza la formación de una molécula (la tetrahydrobiopterina) necesaria para la síntesis de los neurotransmisores dopamina y serotonina. Por lo tanto el problema no era solamente la falta de dopamina, sino también la de serotonina. El tratamiento era válido, pero incompleto. Cuando al tratamiento con levodopa se le añadió 5-hidroxitriptófano (un precursor de la serotonina) todos los síntomas remitieron. Actualmente los dos hermanos tienen 14 años y hacen una vida completamente normal para los chavales de su edad, salvo por tener que medicarse.


Es un lástima pensar que habrán muchos casos parecidos, casos parecidos que están siendo mal diagnósticados por no contar con la tecnología necesaria (no todos los pacientes tienen la suerte de tener a un padre jefazo en una empresa de biotecnología), pero por lo menos consuela saber que en pocos años esta tecnología estará a disposición de mucha más gente... esperemos que para entonces la sanidad continúe siendo pública, y si puede ser, universal.

La familia Beery al lado de un secuenciador automático (Retta Beery)

La fuente original de la historia es un artículo de Cristina Luiggi  en The Scientist.

Y con esta entrada participo en la VIII edición del Carnaval de Biología, que se aloja en el blog Resistencia Numantina y en la X del carnaval de Química, que se aloja en el blog BioUnalm. 

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¿Vale la pena hacer una tesis en España?… crónica de mis años fantasma.

¿Vale la pena hacer una tesis doctoral en un país como España? El otro día pensaba en eso a cuenta de un real decreto que ha salido y que permite, con efectos retroactivos, recuperar 2 años de cotización para los que disfrutamos de una beca de investigación que no incluía seguridad social. Las noticias previas eran prometedoras. Parece que los cuatro años y medio de mi vida en los que estuve en la extraña figura jurídica de becario de investigación, encerrado más de 60 horas semanales en un laboratorio iban a dignificarse. Pero el entusiasmo se esfumó rápido cual sueldo a fin de mes. Leído el real decreto tuve esa desagradable sensación de cuando alguien se acerca a ti diciéndote que va a hacerte un favor y cuando te despistas o se lo estás haciendo tú a él, o te ha robado la cartera. El costo para que esos dos años me computen para la jubilación es (según fuentes) entre 100 y 150 euros por mes. Multiplicado por 24 meses, una pasta, y claro, no he podido evitar reflexionar ¿para que sirve ser doctor en España?






Yo empecé a disfrutar de una beca de Formación de Personal Investigador de la Consellería de Educación de la Generalitat Valenciana en el año 1997. Obviamente estaba muy, muy contento por haber conseguido la beca. Era la época en la que empezaban los recortes (tendencia que lejos de disminuir, sigue) y en mi área solo dieron tres becas para toda la Comunidad Autónoma. La beca consistía en 600 euros mensuales, un seguro medico privado, matrícula gratis en los cursos de doctorado y una ayuda al laboratorio de acogida de unos 1200 euros (para los 4 años). Se supone que era una beca por que yo era un “estudiante”. Tenía la carrera acabada, pero estaba “estudiando” el doctorado, a pesar de pasarme todo el tiempo en el laboratorio. La beca además no daba derecho ni a seguridad social, ni a prestación por desempleo, pero curiosamente, era incompatible con cualquier otro tipo de ingreso y tributaba a hacienda como un ingreso por trabajo, con lo que me tocaba pagar todos los años una cantidad que era prácticamente una mensualidad. Es decir, por una parte se supone que debías tener dedicación exclusiva y de cara a hacienda eras un currante, pero por otra, eras un simple estudiante. Otra peculiaridad es que la partida para “becarios FPI”, debía ser de las últimas de la lista, puesto que llegamos a acumular atrasos en los pagos de hasta 4 meses. Un año, después de varias movilizaciones y huelgas nos reunimos con el conseller, que se limitó a llamarnos desagradecidos por no apreciar el esfuerzo que hacía la generalitat con nosotros. Conseguimos arrancarle una promesa de futuro, que no cumplió. Lo más gracioso es que en la reunión le echamos por cara la política de grandes inversiones, que en aquel momento era Terra Mítica y el Hemisféric… no sabíamos la que nos esperaba, pero con el 0,0 algo por ciento de las inversiones faraónicas que vinieron luego hubieran podido hacer un programa de becas FPI más que digno, pero para eso no hay.

Tiempos Oscuros para el CIPF

Tampoco es que la universidad donde hice la tesis mostrara demasiado aprecia a sus futuros doctores. A pesar que todos los resultados derivados de la tesis aparecían en todos los indicadores de productividad, yo seguía siendo un alumno a todos los efectos. De hecho, ahora que soy PDI de la misma universidad, todos los artículos de investigación que he tenido mientras tenía becas o contratos con otras universidades no constan en mi CV oficial. La endogamia es lo que tiene. Acabé la tesis y conseguí un primer contrato Postdoctoral en la universidad donde hice la tesis y empecé a darme cuenta de para lo poco, o nada que servía un tesis. En los baremos de contratación de la propia universidad que otorga el título no hay diferencia entre el salario para un licenciado que para un doctor. A efectos salariales el título es fantasma. También existían figuras de profesorado donde no se requería ser doctor, figuras que con el tiempo se acaban consolidando… aún hoy existe un colectivo de profesores no doctores en la universidad, algunos de los cuales parecen orgullosos de serlo.






Después me fui de Postdoctoral a Suiza. La sorpresa es que allí la gente sabía lo que era ser doctor y además tenía un retorno económico. Mi sueldo era el doble del que cobro hoy por dar clases en la universidad, más un aumento cada año, coincidiendo con el aniversario de lectura de la tesis, por que se suponía que había acumulado un año más de experiencia como doctor. Por supuesto mi contrato cotizaba a la seguridad social suiza, y además me enteré que allí para calcular los años de cotización necesarios para obtener la jubilación se consideraba el nivel de estudios. Los licenciados superiores tenían que cotizar menos años por que se les descontaban los años de formación necesarios para conseguir la titulación. Al contrario que en España, donde la formación superior a veces parece que penalice. Por supuesto los años de doctorado no cuentan, puesto que las becas no son tales, sino contratos con su correspondiente cotización.

Biozentrum de la Universidad de Basilea

De vuelta a España tuve la suerte de conseguir la acreditación de la ANECA y sacar una oposición. Obviamente, aquí no he vuelto a utilizar el título de doctor, más que nada para que nadie me pida consejo médico o que le tome la tensión. Desde mis años fantasmas lo de la financiación de la ciencia no ha mejorado. Se siguen pagando grandes eventos y obras faraónicas, pero la ciencia y los científicos somos poco menos que unos pesados que siempre estamos pidiendo dinero. Solo hay que ver la situación que están viviendo los compañeros de lo que nos dijeron que sería uno de los centros de referencia de la ciencia en Valencia, el Centro de Investigación príncipe Felipe, y no parece que despedir a los científicos vaya a tener penalización, puesto que al principal responsable le han premiado con un puesto de diputado. Hemos oído a nuestros políticos dar la cara por los chiringuitos playeros, pero han dejado caer el Príncipe Felipe, que se suponía iba a ser un centro de referencia en investigación biomédica en medio de un silencio vergonzante. Tampoco dar clase en la universidad parece que se valore bien por parte de los políticos y curiosamente somos tan pesados que si queremos reivindicar que hemos trabajado debemos pagar una cotización de 1997 a precio de 2011 y encima nosotros, no nuestro empleador como sería lo más lógico. Curioso cuando Rubalcaba propuso regalar el primer año de cotización a alas PYME que emplearan nuevos trabajadores, pero para los becarios de investigación… nada. ¿Vale la pena hacer la tesis en España? posiblemente no, aunque para que negarlo, si tuviera la oportunidad volvería a hacerlo. Como dijo Paul Newman en Camino a la Perdición; “esta es la vida que elegimos”, o como dijo Feynmann: “La ciencia es como el sexo, seguro que tiene una finalidad, pero no es por eso por lo que lo hacemos”.

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